Difference between revisions of "Tutorial for model free SBiNLab"

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Run with
 
Run with
 
<source lang="bash">
 
<source lang="bash">
−
relax 01_read_pdb.py
+
relax 01_read_pdb.py -t 01_read_pdb.log
 
</source>
 
</source>
  
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|
 
|
 
<source lang="bash">
 
<source lang="bash">
−
relax 01_read_pdb.py
+
 
 +
 
 +
 
 +
                                    relax repository checkout
 +
                              c6b38290b22c033c2756abde2b19bddf37b79f7a
 +
                          https://git.code.sf.net/p/nmr-relax/code (fetch)
 +
                          https://git.code.sf.net/p/nmr-relax/code (push)
 +
 
 +
                              Molecular dynamics by NMR data analysis
 +
 
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                            Copyright (C) 2001-2006 Edward d'Auvergne
 +
                        Copyright (C) 2006-2017 the relax development team
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 +
This is free software which you are welcome to modify and redistribute under the conditions of the
 +
GNU General Public License (GPL).  This program, including all modules, is licensed under the GPL
 +
and comes with absolutely no warranty.  For details type 'GPL' within the relax prompt.
 +
 
 +
Assistance in using the relax prompt and scripting interface can be accessed by typing 'help' within
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the prompt.
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 +
Processor fabric:  Uni-processor.
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script = '01_read_pdb.py'
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----------------------------------------------------------------------------------------------------
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# Python module imports.
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from time import asctime, localtime
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import os
 +
 
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# relax module imports.
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from auto_analyses.dauvergne_protocol import dAuvergne_protocol
 +
 
 +
# Set up the data pipe.
 +
#######################
 +
 
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# The following sequence of user function calls can be changed as needed.
 +
 
 +
# Create the data pipe.
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bundle_name = "mf (%s)" % asctime(localtime())
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name = "origin"
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pipe.create(name, 'mf', bundle=bundle_name)
 +
 
 +
# Load the PDB file.
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structure.read_pdb('energy_1.pdb', set_mol_name='ArcCALD', read_model=1)
 +
 
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# Set up the 15N and 1H spins (both backbone and Trp indole sidechains).
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structure.load_spins('@N', ave_pos=True)
 +
structure.load_spins('@NE1', ave_pos=True)
 +
structure.load_spins('@H', ave_pos=True)
 +
structure.load_spins('@HE1', ave_pos=True)
 +
 
 +
# Assign isotopes
 +
spin.isotope('15N', spin_id='@N*')
 +
spin.isotope('1H', spin_id='@H*')
 +
 
 +
----------------------------------------------------------------------------------------------------
 +
 
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relax> pipe.create(pipe_name='origin', pipe_type='mf', bundle='mf (Fri Oct 13 17:44:18 2017)')
 +
 
 +
relax> structure.read_pdb(file='energy_1.pdb', dir=None, read_mol=None, set_mol_name='ArcCALD', read_model=1, set_model_num=None, alt_loc=None, verbosity=1, merge=False)
 +
 
 +
Internal relax PDB parser.
 +
Opening the file 'energy_1.pdb' for reading.
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RelaxWarning: Cannot determine the element associated with atom 'X'.
 +
RelaxWarning: Cannot determine the element associated with atom 'Z'.
 +
RelaxWarning: Cannot determine the element associated with atom 'OO'.
 +
RelaxWarning: Cannot determine the element associated with atom 'OO2'.
 +
Adding molecule 'ArcCALD' to model 1 (from the original molecule number 1 of model 1).
 +
 
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relax> structure.load_spins(spin_id='@N', from_mols=None, mol_name_target=None, ave_pos=True, spin_num=True)
 +
Adding the following spins to the relax data store.
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 +
# mol_name    res_num    res_name    spin_num    spin_name   
 +
ArcCALD      1          SER        1          N           
 +
ArcCALD      2          PRO        14          N           
 +
ArcCALD      3          GLY        28          N           
 +
ArcCALD      4          LEU        35          N           
 +
ArcCALD      5          ASP        54          N           
 +
ArcCALD      6          THR        66          N           
 +
ArcCALD      7          GLN        80          N           
 +
ArcCALD      8          ILE        97          N           
 +
ArcCALD      9          PHE        116        N           
 +
ArcCALD      10        GLU        136        N           
 +
ArcCALD      11        ASP        151        N           
 +
ArcCALD      12        PRO        163        N           
 +
ArcCALD      13        ARG        177        N           
 +
ArcCALD      14        GLU        201        N           
 +
ArcCALD      15        PHE        216        N           
 +
ArcCALD      16        LEU        236        N           
 +
ArcCALD      17        SER        255        N           
 +
ArcCALD      18        HIS        266        N           
 +
ArcCALD      19        LEU        284        N           
 +
ArcCALD      20        GLU        303        N           
 +
ArcCALD      21        GLU        318        N           
 +
ArcCALD      22        TYR        333        N           
 +
ArcCALD      23        LEU        354        N           
 +
ArcCALD      24        ARG        373        N           
 +
ArcCALD      25        GLN        397        N           
 +
ArcCALD      26        VAL        414        N           
 +
ArcCALD      27        GLY        430        N           
 +
ArcCALD      28        GLY        437        N           
 +
ArcCALD      29        SER        444        N           
 +
ArcCALD      30        GLU        455        N           
 +
ArcCALD      31        GLU        470        N           
 +
ArcCALD      32        TYR        485        N           
 +
ArcCALD      33        TRP        506        N           
 +
ArcCALD      34        LEU        530        N           
 +
ArcCALD      35        SER        549        N           
 +
ArcCALD      36        GLN        560        N           
 +
ArcCALD      37        ILE        577        N           
 +
ArcCALD      38        GLN        596        N           
 +
ArcCALD      39        ASN        613        N           
 +
ArcCALD      40        HIS        627        N           
 +
ArcCALD      41        MET        645        N           
 +
ArcCALD      42        ASN        662        N           
 +
ArcCALD      43        GLY        676        N           
 +
ArcCALD      44        PRO        683        N           
 +
ArcCALD      45        ALA        697        N           
 +
ArcCALD      46        LYS        707        N           
 +
ArcCALD      47        LYS        729        N           
 +
ArcCALD      48        TRP        751        N           
 +
ArcCALD      49        TRP        775        N           
 +
ArcCALD      50        GLU        799        N           
 +
ArcCALD      51        PHE        814        N           
 +
ArcCALD      52        LYS        834        N           
 +
ArcCALD      53        GLN        856        N           
 +
ArcCALD      54        GLY        873        N           
 +
ArcCALD      55        SER        880        N           
 +
ArcCALD      56        VAL        891        N           
 +
ArcCALD      57        LYS        907        N           
 +
ArcCALD      58        ASN        929        N           
 +
ArcCALD      59        TRP        943        N           
 +
ArcCALD      60        VAL        967        N           
 +
ArcCALD      61        GLU        983        N           
 +
ArcCALD      62        PHE        998        N           
 +
ArcCALD      63        LYS        1018        N           
 +
ArcCALD      64        LYS        1040        N           
 +
ArcCALD      65        GLU        1062        N           
 +
ArcCALD      66        PHE        1077        N           
 +
ArcCALD      67        LEU        1097        N           
 +
ArcCALD      68        GLN        1116        N           
 +
ArcCALD      69        TYR        1133        N           
 +
ArcCALD      70        SER        1154        N           
 +
ArcCALD      71        GLU        1165        N           
 +
ArcCALD      72        GLY        1180        N           
 +
ArcCALD      73        THR        1187        N           
 +
ArcCALD      74        LEU        1201        N           
 +
ArcCALD      75        SER        1220        N           
 +
ArcCALD      76        ARG        1231        N           
 +
ArcCALD      77        GLU        1255        N           
 +
ArcCALD      78        ALA        1270        N           
 +
ArcCALD      79        ILE        1280        N           
 +
ArcCALD      80        GLN        1299        N           
 +
ArcCALD      81        ARG        1316        N           
 +
ArcCALD      82        GLU        1340        N           
 +
ArcCALD      83        LEU        1355        N           
 +
ArcCALD      84        ASP        1374        N           
 +
ArcCALD      85        LEU        1386        N           
 +
ArcCALD      86        PRO        1405        N           
 +
ArcCALD      87        GLN        1419        N           
 +
ArcCALD      88        LYS        1436        N           
 +
ArcCALD      89        GLN        1458        N           
 +
ArcCALD      90        GLY        1475        N           
 +
ArcCALD      91        GLU        1482        N           
 +
ArcCALD      92        PRO        1497        N           
 +
ArcCALD      93        LEU        1511        N           
 +
ArcCALD      94        ASP        1530        N           
 +
ArcCALD      95        GLN        1542        N           
 +
ArcCALD      96        PHE        1559        N           
 +
ArcCALD      97        LEU        1579        N           
 +
ArcCALD      98        TRP        1598        N           
 +
ArcCALD      99        ARG        1622        N           
 +
ArcCALD      100        LYS        1646        N           
 +
ArcCALD      101        ARG        1668        N           
 +
ArcCALD      102        ASP        1692        N           
 +
ArcCALD      103        LEU        1704        N           
 +
ArcCALD      104        TYR        1723        N           
 +
ArcCALD      105        GLN        1744        N           
 +
ArcCALD      106        THR        1761        N           
 +
ArcCALD      107        LEU        1775        N           
 +
ArcCALD      108        TYR        1794        N           
 +
ArcCALD      109        VAL        1815        N           
 +
ArcCALD      110        ASP        1831        N           
 +
ArcCALD      111        ALA        1843        N           
 +
ArcCALD      112        GLU        1853        N           
 +
ArcCALD      113        GLU        1868        N           
 +
ArcCALD      114        GLU        1883        N           
 +
ArcCALD      115        GLU        1898        N           
 +
ArcCALD      116        ILE        1913        N           
 +
ArcCALD      117        ILE        1932        N           
 +
ArcCALD      118        GLN        1951        N           
 +
ArcCALD      119        TYR        1968        N           
 +
ArcCALD      120        VAL        1989        N           
 +
ArcCALD      121        VAL        2005        N           
 +
ArcCALD      122        GLY        2021        N           
 +
ArcCALD      123        THR        2028        N           
 +
ArcCALD      124        LEU        2042        N           
 +
ArcCALD      125        GLN        2061        N           
 +
ArcCALD      126        PRO        2078        N           
 +
ArcCALD      127        LYS        2092        N           
 +
ArcCALD      128        PHE        2114        N           
 +
ArcCALD      129        LYS        2134        N           
 +
ArcCALD      130        ARG        2156        N           
 +
ArcCALD      131        PHE        2180        N           
 +
ArcCALD      132        LEU        2200        N           
 +
ArcCALD      133        ARG        2219        N           
 +
ArcCALD      134        HIS        2243        N           
 +
ArcCALD      135        PRO        2261        N           
 +
ArcCALD      136        LEU        2275        N           
 +
ArcCALD      137        PRO        2294        N           
 +
ArcCALD      138        LYS        2308        N           
 +
ArcCALD      139        THR        2330        N           
 +
ArcCALD      140        LEU        2344        N           
 +
ArcCALD      141        GLU        2363        N           
 +
ArcCALD      142        GLN        2378        N           
 +
ArcCALD      143        LEU        2395        N           
 +
ArcCALD      144        ILE        2414        N           
 +
ArcCALD      145        GLN        2433        N           
 +
ArcCALD      146        ARG        2450        N           
 +
ArcCALD      147        GLY        2474        N           
 +
ArcCALD      148        MET        2481        N           
 +
ArcCALD      149        GLU        2498        N           
 +
ArcCALD      150        VAL        2513        N           
 +
ArcCALD      151        GLN        2529        N           
 +
ArcCALD      152        ASP        2546        N           
 +
ArcCALD      153        GLY        2558        N           
 +
ArcCALD      154        LEU        2565        N           
 +
ArcCALD      155        GLU        2584        N           
 +
ArcCALD      156        GLN        2599        N           
 +
ArcCALD      157        ALA        2616        N           
 +
ArcCALD      158        ALA        2626        N           
 +
ArcCALD      159        GLU        2636        N           
 +
 
 +
relax> structure.load_spins(spin_id='@NE1', from_mols=None, mol_name_target=None, ave_pos=True, spin_num=True)
 +
Adding the following spins to the relax data store.
 +
 
 +
# mol_name    res_num    res_name    spin_num    spin_name   
 +
ArcCALD      33        TRP        517        NE1         
 +
ArcCALD      48        TRP        762        NE1         
 +
ArcCALD      49        TRP        786        NE1         
 +
ArcCALD      59        TRP        954        NE1         
 +
ArcCALD      98        TRP        1609        NE1         
 +
 
 +
relax> structure.load_spins(spin_id='@H', from_mols=None, mol_name_target=None, ave_pos=True, spin_num=True)
 +
Adding the following spins to the relax data store.
 +
 
 +
# mol_name    res_num    res_name    spin_num    spin_name   
 +
ArcCALD      3          GLY        29          H           
 +
ArcCALD      4          LEU        36          H           
 +
ArcCALD      5          ASP        55          H           
 +
ArcCALD      6          THR        67          H           
 +
ArcCALD      7          GLN        81          H           
 +
ArcCALD      8          ILE        98          H           
 +
ArcCALD      9          PHE        117        H           
 +
ArcCALD      10        GLU        137        H           
 +
ArcCALD      11        ASP        152        H           
 +
ArcCALD      13        ARG        178        H           
 +
ArcCALD      14        GLU        202        H           
 +
ArcCALD      15        PHE        217        H           
 +
ArcCALD      16        LEU        237        H           
 +
ArcCALD      17        SER        256        H           
 +
ArcCALD      18        HIS        267        H           
 +
ArcCALD      19        LEU        285        H           
 +
ArcCALD      20        GLU        304        H           
 +
ArcCALD      21        GLU        319        H           
 +
ArcCALD      22        TYR        334        H           
 +
ArcCALD      23        LEU        355        H           
 +
ArcCALD      24        ARG        374        H           
 +
ArcCALD      25        GLN        398        H           
 +
ArcCALD      26        VAL        415        H           
 +
ArcCALD      27        GLY        431        H           
 +
ArcCALD      28        GLY        438        H           
 +
ArcCALD      29        SER        445        H           
 +
ArcCALD      30        GLU        456        H           
 +
ArcCALD      31        GLU        471        H           
 +
ArcCALD      32        TYR        486        H           
 +
ArcCALD      33        TRP        507        H           
 +
ArcCALD      34        LEU        531        H           
 +
ArcCALD      35        SER        550        H           
 +
ArcCALD      36        GLN        561        H           
 +
ArcCALD      37        ILE        578        H           
 +
ArcCALD      38        GLN        597        H           
 +
ArcCALD      39        ASN        614        H           
 +
ArcCALD      40        HIS        628        H           
 +
ArcCALD      41        MET        646        H           
 +
ArcCALD      42        ASN        663        H           
 +
ArcCALD      43        GLY        677        H           
 +
ArcCALD      45        ALA        698        H           
 +
ArcCALD      46        LYS        708        H           
 +
ArcCALD      47        LYS        730        H           
 +
ArcCALD      48        TRP        752        H           
 +
ArcCALD      49        TRP        776        H           
 +
ArcCALD      50        GLU        800        H           
 +
ArcCALD      51        PHE        815        H           
 +
ArcCALD      52        LYS        835        H           
 +
ArcCALD      53        GLN        857        H           
 +
ArcCALD      54        GLY        874        H           
 +
ArcCALD      55        SER        881        H           
 +
ArcCALD      56        VAL        892        H           
 +
ArcCALD      57        LYS        908        H           
 +
ArcCALD      58        ASN        930        H           
 +
ArcCALD      59        TRP        944        H           
 +
ArcCALD      60        VAL        968        H           
 +
ArcCALD      61        GLU        984        H           
 +
ArcCALD      62        PHE        999        H           
 +
ArcCALD      63        LYS        1019        H           
 +
ArcCALD      64        LYS        1041        H           
 +
ArcCALD      65        GLU        1063        H           
 +
ArcCALD      66        PHE        1078        H           
 +
ArcCALD      67        LEU        1098        H           
 +
ArcCALD      68        GLN        1117        H           
 +
ArcCALD      69        TYR        1134        H           
 +
ArcCALD      70        SER        1155        H           
 +
ArcCALD      71        GLU        1166        H           
 +
ArcCALD      72        GLY        1181        H           
 +
ArcCALD      73        THR        1188        H           
 +
ArcCALD      74        LEU        1202        H           
 +
ArcCALD      75        SER        1221        H           
 +
ArcCALD      76        ARG        1232        H           
 +
ArcCALD      77        GLU        1256        H           
 +
ArcCALD      78        ALA        1271        H           
 +
ArcCALD      79        ILE        1281        H           
 +
ArcCALD      80        GLN        1300        H           
 +
ArcCALD      81        ARG        1317        H           
 +
ArcCALD      82        GLU        1341        H           
 +
ArcCALD      83        LEU        1356        H           
 +
ArcCALD      84        ASP        1375        H           
 +
ArcCALD      85        LEU        1387        H           
 +
ArcCALD      87        GLN        1420        H           
 +
ArcCALD      88        LYS        1437        H           
 +
ArcCALD      89        GLN        1459        H           
 +
ArcCALD      90        GLY        1476        H           
 +
ArcCALD      91        GLU        1483        H           
 +
ArcCALD      93        LEU        1512        H           
 +
ArcCALD      94        ASP        1531        H           
 +
ArcCALD      95        GLN        1543        H           
 +
ArcCALD      96        PHE        1560        H           
 +
ArcCALD      97        LEU        1580        H           
 +
ArcCALD      98        TRP        1599        H           
 +
ArcCALD      99        ARG        1623        H           
 +
ArcCALD      100        LYS        1647        H           
 +
ArcCALD      101        ARG        1669        H           
 +
ArcCALD      102        ASP        1693        H           
 +
ArcCALD      103        LEU        1705        H           
 +
ArcCALD      104        TYR        1724        H           
 +
ArcCALD      105        GLN        1745        H           
 +
ArcCALD      106        THR        1762        H           
 +
ArcCALD      107        LEU        1776        H           
 +
ArcCALD      108        TYR        1795        H           
 +
ArcCALD      109        VAL        1816        H           
 +
ArcCALD      110        ASP        1832        H           
 +
ArcCALD      111        ALA        1844        H           
 +
ArcCALD      112        GLU        1854        H           
 +
ArcCALD      113        GLU        1869        H           
 +
ArcCALD      114        GLU        1884        H           
 +
ArcCALD      115        GLU        1899        H           
 +
ArcCALD      116        ILE        1914        H           
 +
ArcCALD      117        ILE        1933        H           
 +
ArcCALD      118        GLN        1952        H           
 +
ArcCALD      119        TYR        1969        H           
 +
ArcCALD      120        VAL        1990        H           
 +
ArcCALD      121        VAL        2006        H           
 +
ArcCALD      122        GLY        2022        H           
 +
ArcCALD      123        THR        2029        H           
 +
ArcCALD      124        LEU        2043        H           
 +
ArcCALD      125        GLN        2062        H           
 +
ArcCALD      127        LYS        2093        H           
 +
ArcCALD      128        PHE        2115        H           
 +
ArcCALD      129        LYS        2135        H           
 +
ArcCALD      130        ARG        2157        H           
 +
ArcCALD      131        PHE        2181        H           
 +
ArcCALD      132        LEU        2201        H           
 +
ArcCALD      133        ARG        2220        H           
 +
ArcCALD      134        HIS        2244        H           
 +
ArcCALD      136        LEU        2276        H           
 +
ArcCALD      138        LYS        2309        H           
 +
ArcCALD      139        THR        2331        H           
 +
ArcCALD      140        LEU        2345        H           
 +
ArcCALD      141        GLU        2364        H           
 +
ArcCALD      142        GLN        2379        H           
 +
ArcCALD      143        LEU        2396        H           
 +
ArcCALD      144        ILE        2415        H           
 +
ArcCALD      145        GLN        2434        H           
 +
ArcCALD      146        ARG        2451        H           
 +
ArcCALD      147        GLY        2475        H           
 +
ArcCALD      148        MET        2482        H           
 +
ArcCALD      149        GLU        2499        H           
 +
ArcCALD      150        VAL        2514        H           
 +
ArcCALD      151        GLN        2530        H           
 +
ArcCALD      152        ASP        2547        H           
 +
ArcCALD      153        GLY        2559        H           
 +
ArcCALD      154        LEU        2566        H           
 +
ArcCALD      155        GLU        2585        H           
 +
ArcCALD      156        GLN        2600        H           
 +
ArcCALD      157        ALA        2617        H           
 +
ArcCALD      158        ALA        2627        H           
 +
ArcCALD      159        GLU        2637        H           
 +
 
 +
relax> structure.load_spins(spin_id='@HE1', from_mols=None, mol_name_target=None, ave_pos=True, spin_num=True)
 +
Adding the following spins to the relax data store.
 +
 
 +
# mol_name    res_num    res_name    spin_num    spin_name   
 +
ArcCALD      9          PHE        129        HE1         
 +
ArcCALD      15        PHE        229        HE1         
 +
ArcCALD      18        HIS        279        HE1         
 +
ArcCALD      22        TYR        346        HE1         
 +
ArcCALD      32        TYR        498        HE1         
 +
ArcCALD      33        TRP        518        HE1         
 +
ArcCALD      40        HIS        640        HE1         
 +
ArcCALD      41        MET        657        HE1         
 +
ArcCALD      46        LYS        721        HE1         
 +
ArcCALD      47        LYS        743        HE1         
 +
ArcCALD      48        TRP        763        HE1         
 +
ArcCALD      49        TRP        787        HE1         
 +
ArcCALD      51        PHE        827        HE1         
 +
ArcCALD      52        LYS        848        HE1         
 +
ArcCALD      57        LYS        921        HE1         
 +
ArcCALD      59        TRP        955        HE1         
 +
ArcCALD      62        PHE        1011        HE1         
 +
ArcCALD      63        LYS        1032        HE1         
 +
ArcCALD      64        LYS        1054        HE1         
 +
ArcCALD      66        PHE        1090        HE1         
 +
ArcCALD      69        TYR        1146        HE1         
 +
ArcCALD      88        LYS        1450        HE1         
 +
ArcCALD      96        PHE        1572        HE1         
 +
ArcCALD      98        TRP        1610        HE1         
 +
ArcCALD      100        LYS        1660        HE1         
 +
ArcCALD      104        TYR        1736        HE1         
 +
ArcCALD      108        TYR        1807        HE1         
 +
ArcCALD      119        TYR        1981        HE1         
 +
ArcCALD      127        LYS        2106        HE1         
 +
ArcCALD      128        PHE        2127        HE1         
 +
ArcCALD      129        LYS        2148        HE1         
 +
ArcCALD      131        PHE        2193        HE1         
 +
ArcCALD      134        HIS        2256        HE1         
 +
ArcCALD      138        LYS        2322        HE1         
 +
ArcCALD      148        MET        2493        HE1         
 +
 
 +
relax> spin.isotope(isotope='15N', spin_id='@N*', force=False)
 +
 
 +
relax> spin.isotope(isotope='1H', spin_id='@H*', force=False)
 +
 
 
</source>
 
</source>
 
|}
 
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Revision as of 15:45, 13 October 2017

Background

This is a tutorial for Lau and Kaare in SBiNLab, and hopefully others.

To get inspiration of example scripts files and see how the protocol is performed, have a look here:

  • nmr-relax-code/test_suite/system_tests/scripts/model_free/dauvergne_protocol.py
  • nmr-relax-code/auto_analyses/dauvergne_protocol.py

Scripts

To get the protocol to work, we need to

  • Load a PDB structure
  • Assign the "data structure" in relax through spin-assignments
  • Assign necessary "information" as isotope information to each spin-assignment
  • Read "R1, R2 and NOE" for different magnet field strengths
  • Calculate some properties
  • Check the data
  • Run the protocol

To work most efficiently, it is important to perform each step 1 by 1, and closely inspect the log for any errors.

For similar tutorial, have a look at: Tutorial for model-free analysis sam mahdi

01 - Test load of data

First we just want to test to read the PDB file.

01_read_pdb.py 

# Python module imports.
from time import asctime, localtime
import os

# relax module imports.
from auto_analyses.dauvergne_protocol import dAuvergne_protocol

# Set up the data pipe.
#######################

# The following sequence of user function calls can be changed as needed.

# Create the data pipe.
bundle_name = "mf (%s)" % asctime(localtime())
name = "origin"
pipe.create(name, 'mf', bundle=bundle_name)

# Load the PDB file.
structure.read_pdb('energy_1.pdb', set_mol_name='ArcCALD', read_model=1)

# Set up the 15N and 1H spins (both backbone and Trp indole sidechains).
structure.load_spins('@N', ave_pos=True)
structure.load_spins('@NE1', ave_pos=True)
structure.load_spins('@H', ave_pos=True)
structure.load_spins('@HE1', ave_pos=True)

# Assign isotopes
spin.isotope('15N', spin_id='@N*')
spin.isotope('1H', spin_id='@H*')

Run with 

relax 01_read_pdb.py -t 01_read_pdb.log
Output from logfile 
                                     relax repository checkout
                              c6b38290b22c033c2756abde2b19bddf37b79f7a
                          https://git.code.sf.net/p/nmr-relax/code (fetch)
                          https://git.code.sf.net/p/nmr-relax/code (push)

                              Molecular dynamics by NMR data analysis

                             Copyright (C) 2001-2006 Edward d'Auvergne
                         Copyright (C) 2006-2017 the relax development team

This is free software which you are welcome to modify and redistribute under the conditions of the
GNU General Public License (GPL).  This program, including all modules, is licensed under the GPL
and comes with absolutely no warranty.  For details type 'GPL' within the relax prompt.

Assistance in using the relax prompt and scripting interface can be accessed by typing 'help' within
the prompt.

Processor fabric:  Uni-processor.

script = '01_read_pdb.py'
----------------------------------------------------------------------------------------------------
# Python module imports.
from time import asctime, localtime
import os

# relax module imports.
from auto_analyses.dauvergne_protocol import dAuvergne_protocol

# Set up the data pipe.
#######################

# The following sequence of user function calls can be changed as needed.

# Create the data pipe.
bundle_name = "mf (%s)" % asctime(localtime())
name = "origin"
pipe.create(name, 'mf', bundle=bundle_name)

# Load the PDB file.
structure.read_pdb('energy_1.pdb', set_mol_name='ArcCALD', read_model=1)

# Set up the 15N and 1H spins (both backbone and Trp indole sidechains).
structure.load_spins('@N', ave_pos=True)
structure.load_spins('@NE1', ave_pos=True)
structure.load_spins('@H', ave_pos=True)
structure.load_spins('@HE1', ave_pos=True)

# Assign isotopes
spin.isotope('15N', spin_id='@N*')
spin.isotope('1H', spin_id='@H*')

----------------------------------------------------------------------------------------------------

relax> pipe.create(pipe_name='origin', pipe_type='mf', bundle='mf (Fri Oct 13 17:44:18 2017)')

relax> structure.read_pdb(file='energy_1.pdb', dir=None, read_mol=None, set_mol_name='ArcCALD', read_model=1, set_model_num=None, alt_loc=None, verbosity=1, merge=False)

Internal relax PDB parser.
Opening the file 'energy_1.pdb' for reading.
RelaxWarning: Cannot determine the element associated with atom 'X'.
RelaxWarning: Cannot determine the element associated with atom 'Z'.
RelaxWarning: Cannot determine the element associated with atom 'OO'.
RelaxWarning: Cannot determine the element associated with atom 'OO2'.
Adding molecule 'ArcCALD' to model 1 (from the original molecule number 1 of model 1).

relax> structure.load_spins(spin_id='@N', from_mols=None, mol_name_target=None, ave_pos=True, spin_num=True)
Adding the following spins to the relax data store.

# mol_name    res_num    res_name    spin_num    spin_name    
ArcCALD       1          SER         1           N            
ArcCALD       2          PRO         14          N            
ArcCALD       3          GLY         28          N            
ArcCALD       4          LEU         35          N            
ArcCALD       5          ASP         54          N            
ArcCALD       6          THR         66          N            
ArcCALD       7          GLN         80          N            
ArcCALD       8          ILE         97          N            
ArcCALD       9          PHE         116         N            
ArcCALD       10         GLU         136         N            
ArcCALD       11         ASP         151         N            
ArcCALD       12         PRO         163         N            
ArcCALD       13         ARG         177         N            
ArcCALD       14         GLU         201         N            
ArcCALD       15         PHE         216         N            
ArcCALD       16         LEU         236         N            
ArcCALD       17         SER         255         N            
ArcCALD       18         HIS         266         N            
ArcCALD       19         LEU         284         N            
ArcCALD       20         GLU         303         N            
ArcCALD       21         GLU         318         N            
ArcCALD       22         TYR         333         N            
ArcCALD       23         LEU         354         N            
ArcCALD       24         ARG         373         N            
ArcCALD       25         GLN         397         N            
ArcCALD       26         VAL         414         N            
ArcCALD       27         GLY         430         N            
ArcCALD       28         GLY         437         N            
ArcCALD       29         SER         444         N            
ArcCALD       30         GLU         455         N            
ArcCALD       31         GLU         470         N            
ArcCALD       32         TYR         485         N            
ArcCALD       33         TRP         506         N            
ArcCALD       34         LEU         530         N            
ArcCALD       35         SER         549         N            
ArcCALD       36         GLN         560         N            
ArcCALD       37         ILE         577         N            
ArcCALD       38         GLN         596         N            
ArcCALD       39         ASN         613         N            
ArcCALD       40         HIS         627         N            
ArcCALD       41         MET         645         N            
ArcCALD       42         ASN         662         N            
ArcCALD       43         GLY         676         N            
ArcCALD       44         PRO         683         N            
ArcCALD       45         ALA         697         N            
ArcCALD       46         LYS         707         N            
ArcCALD       47         LYS         729         N            
ArcCALD       48         TRP         751         N            
ArcCALD       49         TRP         775         N            
ArcCALD       50         GLU         799         N            
ArcCALD       51         PHE         814         N            
ArcCALD       52         LYS         834         N            
ArcCALD       53         GLN         856         N            
ArcCALD       54         GLY         873         N            
ArcCALD       55         SER         880         N            
ArcCALD       56         VAL         891         N            
ArcCALD       57         LYS         907         N            
ArcCALD       58         ASN         929         N            
ArcCALD       59         TRP         943         N            
ArcCALD       60         VAL         967         N            
ArcCALD       61         GLU         983         N            
ArcCALD       62         PHE         998         N            
ArcCALD       63         LYS         1018        N            
ArcCALD       64         LYS         1040        N            
ArcCALD       65         GLU         1062        N            
ArcCALD       66         PHE         1077        N            
ArcCALD       67         LEU         1097        N            
ArcCALD       68         GLN         1116        N            
ArcCALD       69         TYR         1133        N            
ArcCALD       70         SER         1154        N            
ArcCALD       71         GLU         1165        N            
ArcCALD       72         GLY         1180        N            
ArcCALD       73         THR         1187        N            
ArcCALD       74         LEU         1201        N            
ArcCALD       75         SER         1220        N            
ArcCALD       76         ARG         1231        N            
ArcCALD       77         GLU         1255        N            
ArcCALD       78         ALA         1270        N            
ArcCALD       79         ILE         1280        N            
ArcCALD       80         GLN         1299        N            
ArcCALD       81         ARG         1316        N            
ArcCALD       82         GLU         1340        N            
ArcCALD       83         LEU         1355        N            
ArcCALD       84         ASP         1374        N            
ArcCALD       85         LEU         1386        N            
ArcCALD       86         PRO         1405        N            
ArcCALD       87         GLN         1419        N            
ArcCALD       88         LYS         1436        N            
ArcCALD       89         GLN         1458        N            
ArcCALD       90         GLY         1475        N            
ArcCALD       91         GLU         1482        N            
ArcCALD       92         PRO         1497        N            
ArcCALD       93         LEU         1511        N            
ArcCALD       94         ASP         1530        N            
ArcCALD       95         GLN         1542        N            
ArcCALD       96         PHE         1559        N            
ArcCALD       97         LEU         1579        N            
ArcCALD       98         TRP         1598        N            
ArcCALD       99         ARG         1622        N            
ArcCALD       100        LYS         1646        N            
ArcCALD       101        ARG         1668        N            
ArcCALD       102        ASP         1692        N            
ArcCALD       103        LEU         1704        N            
ArcCALD       104        TYR         1723        N            
ArcCALD       105        GLN         1744        N            
ArcCALD       106        THR         1761        N            
ArcCALD       107        LEU         1775        N            
ArcCALD       108        TYR         1794        N            
ArcCALD       109        VAL         1815        N            
ArcCALD       110        ASP         1831        N            
ArcCALD       111        ALA         1843        N            
ArcCALD       112        GLU         1853        N            
ArcCALD       113        GLU         1868        N            
ArcCALD       114        GLU         1883        N            
ArcCALD       115        GLU         1898        N            
ArcCALD       116        ILE         1913        N            
ArcCALD       117        ILE         1932        N            
ArcCALD       118        GLN         1951        N            
ArcCALD       119        TYR         1968        N            
ArcCALD       120        VAL         1989        N            
ArcCALD       121        VAL         2005        N            
ArcCALD       122        GLY         2021        N            
ArcCALD       123        THR         2028        N            
ArcCALD       124        LEU         2042        N            
ArcCALD       125        GLN         2061        N            
ArcCALD       126        PRO         2078        N            
ArcCALD       127        LYS         2092        N            
ArcCALD       128        PHE         2114        N            
ArcCALD       129        LYS         2134        N            
ArcCALD       130        ARG         2156        N            
ArcCALD       131        PHE         2180        N            
ArcCALD       132        LEU         2200        N            
ArcCALD       133        ARG         2219        N            
ArcCALD       134        HIS         2243        N            
ArcCALD       135        PRO         2261        N            
ArcCALD       136        LEU         2275        N            
ArcCALD       137        PRO         2294        N            
ArcCALD       138        LYS         2308        N            
ArcCALD       139        THR         2330        N            
ArcCALD       140        LEU         2344        N            
ArcCALD       141        GLU         2363        N            
ArcCALD       142        GLN         2378        N            
ArcCALD       143        LEU         2395        N            
ArcCALD       144        ILE         2414        N            
ArcCALD       145        GLN         2433        N            
ArcCALD       146        ARG         2450        N            
ArcCALD       147        GLY         2474        N            
ArcCALD       148        MET         2481        N            
ArcCALD       149        GLU         2498        N            
ArcCALD       150        VAL         2513        N            
ArcCALD       151        GLN         2529        N            
ArcCALD       152        ASP         2546        N            
ArcCALD       153        GLY         2558        N            
ArcCALD       154        LEU         2565        N            
ArcCALD       155        GLU         2584        N            
ArcCALD       156        GLN         2599        N            
ArcCALD       157        ALA         2616        N            
ArcCALD       158        ALA         2626        N            
ArcCALD       159        GLU         2636        N            

relax> structure.load_spins(spin_id='@NE1', from_mols=None, mol_name_target=None, ave_pos=True, spin_num=True)
Adding the following spins to the relax data store.

# mol_name    res_num    res_name    spin_num    spin_name    
ArcCALD       33         TRP         517         NE1          
ArcCALD       48         TRP         762         NE1          
ArcCALD       49         TRP         786         NE1          
ArcCALD       59         TRP         954         NE1          
ArcCALD       98         TRP         1609        NE1          

relax> structure.load_spins(spin_id='@H', from_mols=None, mol_name_target=None, ave_pos=True, spin_num=True)
Adding the following spins to the relax data store.

# mol_name    res_num    res_name    spin_num    spin_name    
ArcCALD       3          GLY         29          H            
ArcCALD       4          LEU         36          H            
ArcCALD       5          ASP         55          H            
ArcCALD       6          THR         67          H            
ArcCALD       7          GLN         81          H            
ArcCALD       8          ILE         98          H            
ArcCALD       9          PHE         117         H            
ArcCALD       10         GLU         137         H            
ArcCALD       11         ASP         152         H            
ArcCALD       13         ARG         178         H            
ArcCALD       14         GLU         202         H            
ArcCALD       15         PHE         217         H            
ArcCALD       16         LEU         237         H            
ArcCALD       17         SER         256         H            
ArcCALD       18         HIS         267         H            
ArcCALD       19         LEU         285         H            
ArcCALD       20         GLU         304         H            
ArcCALD       21         GLU         319         H            
ArcCALD       22         TYR         334         H            
ArcCALD       23         LEU         355         H            
ArcCALD       24         ARG         374         H            
ArcCALD       25         GLN         398         H            
ArcCALD       26         VAL         415         H            
ArcCALD       27         GLY         431         H            
ArcCALD       28         GLY         438         H            
ArcCALD       29         SER         445         H            
ArcCALD       30         GLU         456         H            
ArcCALD       31         GLU         471         H            
ArcCALD       32         TYR         486         H            
ArcCALD       33         TRP         507         H            
ArcCALD       34         LEU         531         H            
ArcCALD       35         SER         550         H            
ArcCALD       36         GLN         561         H            
ArcCALD       37         ILE         578         H            
ArcCALD       38         GLN         597         H            
ArcCALD       39         ASN         614         H            
ArcCALD       40         HIS         628         H            
ArcCALD       41         MET         646         H            
ArcCALD       42         ASN         663         H            
ArcCALD       43         GLY         677         H            
ArcCALD       45         ALA         698         H            
ArcCALD       46         LYS         708         H            
ArcCALD       47         LYS         730         H            
ArcCALD       48         TRP         752         H            
ArcCALD       49         TRP         776         H            
ArcCALD       50         GLU         800         H            
ArcCALD       51         PHE         815         H            
ArcCALD       52         LYS         835         H            
ArcCALD       53         GLN         857         H            
ArcCALD       54         GLY         874         H            
ArcCALD       55         SER         881         H            
ArcCALD       56         VAL         892         H            
ArcCALD       57         LYS         908         H            
ArcCALD       58         ASN         930         H            
ArcCALD       59         TRP         944         H            
ArcCALD       60         VAL         968         H            
ArcCALD       61         GLU         984         H            
ArcCALD       62         PHE         999         H            
ArcCALD       63         LYS         1019        H            
ArcCALD       64         LYS         1041        H            
ArcCALD       65         GLU         1063        H            
ArcCALD       66         PHE         1078        H            
ArcCALD       67         LEU         1098        H            
ArcCALD       68         GLN         1117        H            
ArcCALD       69         TYR         1134        H            
ArcCALD       70         SER         1155        H            
ArcCALD       71         GLU         1166        H            
ArcCALD       72         GLY         1181        H            
ArcCALD       73         THR         1188        H            
ArcCALD       74         LEU         1202        H            
ArcCALD       75         SER         1221        H            
ArcCALD       76         ARG         1232        H            
ArcCALD       77         GLU         1256        H            
ArcCALD       78         ALA         1271        H            
ArcCALD       79         ILE         1281        H            
ArcCALD       80         GLN         1300        H            
ArcCALD       81         ARG         1317        H            
ArcCALD       82         GLU         1341        H            
ArcCALD       83         LEU         1356        H            
ArcCALD       84         ASP         1375        H            
ArcCALD       85         LEU         1387        H            
ArcCALD       87         GLN         1420        H            
ArcCALD       88         LYS         1437        H            
ArcCALD       89         GLN         1459        H            
ArcCALD       90         GLY         1476        H            
ArcCALD       91         GLU         1483        H            
ArcCALD       93         LEU         1512        H            
ArcCALD       94         ASP         1531        H            
ArcCALD       95         GLN         1543        H            
ArcCALD       96         PHE         1560        H            
ArcCALD       97         LEU         1580        H            
ArcCALD       98         TRP         1599        H            
ArcCALD       99         ARG         1623        H            
ArcCALD       100        LYS         1647        H            
ArcCALD       101        ARG         1669        H            
ArcCALD       102        ASP         1693        H            
ArcCALD       103        LEU         1705        H            
ArcCALD       104        TYR         1724        H            
ArcCALD       105        GLN         1745        H            
ArcCALD       106        THR         1762        H            
ArcCALD       107        LEU         1776        H            
ArcCALD       108        TYR         1795        H            
ArcCALD       109        VAL         1816        H            
ArcCALD       110        ASP         1832        H            
ArcCALD       111        ALA         1844        H            
ArcCALD       112        GLU         1854        H            
ArcCALD       113        GLU         1869        H            
ArcCALD       114        GLU         1884        H            
ArcCALD       115        GLU         1899        H            
ArcCALD       116        ILE         1914        H            
ArcCALD       117        ILE         1933        H            
ArcCALD       118        GLN         1952        H            
ArcCALD       119        TYR         1969        H            
ArcCALD       120        VAL         1990        H            
ArcCALD       121        VAL         2006        H            
ArcCALD       122        GLY         2022        H            
ArcCALD       123        THR         2029        H            
ArcCALD       124        LEU         2043        H            
ArcCALD       125        GLN         2062        H            
ArcCALD       127        LYS         2093        H            
ArcCALD       128        PHE         2115        H            
ArcCALD       129        LYS         2135        H            
ArcCALD       130        ARG         2157        H            
ArcCALD       131        PHE         2181        H            
ArcCALD       132        LEU         2201        H            
ArcCALD       133        ARG         2220        H            
ArcCALD       134        HIS         2244        H            
ArcCALD       136        LEU         2276        H            
ArcCALD       138        LYS         2309        H            
ArcCALD       139        THR         2331        H            
ArcCALD       140        LEU         2345        H            
ArcCALD       141        GLU         2364        H            
ArcCALD       142        GLN         2379        H            
ArcCALD       143        LEU         2396        H            
ArcCALD       144        ILE         2415        H            
ArcCALD       145        GLN         2434        H            
ArcCALD       146        ARG         2451        H            
ArcCALD       147        GLY         2475        H            
ArcCALD       148        MET         2482        H            
ArcCALD       149        GLU         2499        H            
ArcCALD       150        VAL         2514        H            
ArcCALD       151        GLN         2530        H            
ArcCALD       152        ASP         2547        H            
ArcCALD       153        GLY         2559        H            
ArcCALD       154        LEU         2566        H            
ArcCALD       155        GLU         2585        H            
ArcCALD       156        GLN         2600        H            
ArcCALD       157        ALA         2617        H            
ArcCALD       158        ALA         2627        H            
ArcCALD       159        GLU         2637        H            

relax> structure.load_spins(spin_id='@HE1', from_mols=None, mol_name_target=None, ave_pos=True, spin_num=True)
Adding the following spins to the relax data store.

# mol_name    res_num    res_name    spin_num    spin_name    
ArcCALD       9          PHE         129         HE1          
ArcCALD       15         PHE         229         HE1          
ArcCALD       18         HIS         279         HE1          
ArcCALD       22         TYR         346         HE1          
ArcCALD       32         TYR         498         HE1          
ArcCALD       33         TRP         518         HE1          
ArcCALD       40         HIS         640         HE1          
ArcCALD       41         MET         657         HE1          
ArcCALD       46         LYS         721         HE1          
ArcCALD       47         LYS         743         HE1          
ArcCALD       48         TRP         763         HE1          
ArcCALD       49         TRP         787         HE1          
ArcCALD       51         PHE         827         HE1          
ArcCALD       52         LYS         848         HE1          
ArcCALD       57         LYS         921         HE1          
ArcCALD       59         TRP         955         HE1          
ArcCALD       62         PHE         1011        HE1          
ArcCALD       63         LYS         1032        HE1          
ArcCALD       64         LYS         1054        HE1          
ArcCALD       66         PHE         1090        HE1          
ArcCALD       69         TYR         1146        HE1          
ArcCALD       88         LYS         1450        HE1          
ArcCALD       96         PHE         1572        HE1          
ArcCALD       98         TRP         1610        HE1          
ArcCALD       100        LYS         1660        HE1          
ArcCALD       104        TYR         1736        HE1          
ArcCALD       108        TYR         1807        HE1          
ArcCALD       119        TYR         1981        HE1          
ArcCALD       127        LYS         2106        HE1          
ArcCALD       128        PHE         2127        HE1          
ArcCALD       129        LYS         2148        HE1          
ArcCALD       131        PHE         2193        HE1          
ArcCALD       134        HIS         2256        HE1          
ArcCALD       138        LYS         2322        HE1          
ArcCALD       148        MET         2493        HE1          

relax> spin.isotope(isotope='15N', spin_id='@N*', force=False)

relax> spin.isotope(isotope='1H', spin_id='@H*', force=False)

See also

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